La Estación de Bobadilla se encuentra situada a dieciséis kilómetros de la ciudad de Antequera, a cuyo término municipal pertenece. El surgimiento de este núcleo ferroviario como tal obedece a la construcción de la linea de ferrocarril de Córdoba a Málaga en 1865. También en ese año se puso en servicio el tramo de Bobadilla a Antequera como arranque de la línea que llegaría hasta Granada. Así pues, nos encontramos ante uno de los nudos ferroviarios cuya consolidación se produce con mayor prontitud.

La elección del lugar por el que debía transitar el ferrocarril a su paso por el municipio de Antequera tuvo algunas controversias, y finalmente, los constructores de la línea optaron por hacer pasar el ferrocarril por el núcleo de Bobadilla conocido como el caserío del Vado de las Carretas, enclavado a unos tres kilómetros de Bobadilla Pueblo y en su término geográfico y el cual aparece citado ya como un lugar reconocido en el diccionario de Madoz de 1845.

Aquí, junto al antiguo caserío se levantan las primeras instalaciones ferroviarias, todavía de pequeñas dimensiones y con apenas dos o tres vías para realizar los cruces de trenes y las operaciones de transbordo entre las dos líneas, que se integrarán en la red de Andaluces con la creación de ésta en 1877.